Staðurinn er kenndur við Þorlák helga biskup Þórhallsonar í Skálholti en áður hafði þessi staður verið nefndur Elliðahöfn. Þrautalending Eyrbekkinga, Stokkseyringa og Loftstaðarmanna var fyrrum í Þorlákshöfn þegar hafnir lokuðust vegna brims. Lefolii verslun hafði þar einnig einhverja aðstöðu fyrr á tímum. Einhver útvegur hefur verið frá Þorlákshöfn í gegn um aldirnar [sbr. 1706 Skipstapi frá Elliðahöfn með 13 mönnum.] en regluleg útgerð þaðan hófst þegar Jón Árnason kaupmaður og útvegsmaður hóf búskap í Þorlákshöfn  árið 1862 og keypti  jörðina  sama ár, fyrir 500  kr.  Jón Árnason  andaðist í  nóvember 1912 og bjó  þar  stórbúi til  dauðadags, og ekkja  hans til fardaga  árið 1914;  Jón Árnason seldi Þorleifi  Guðmundssyni frá Háeyri á Eyrarbakka, jörðina árið 1910, fyrir 32 þúsund kr. Árið 1913, seldi Þorleifur "Hlutafélaginu Þorlákshöfn"  jörðina, en "bjó"  þar frá  fardögum 1914, til fardaga 1928. Þá  voru  orðnir  eigendur Þorlákshafnar, þeir Magnús Sigurðsson  bankastjóri, Halldór Þorsteinsson skipstj. o. fl. en eftir 1928, hafði  maður nefndur Guðmundur Jónsson  búið  þar, en þegar  talað er um ábúð  jarðarinnar frá 1911, er aðeins átt við grasnyt  hennar, því frá þvi ári, nutu eigendur þess arðs, er hún gaf af sér, sem fiskiver. Verstöðin fór þá smám saman að draga til sín fólk frá Eyrarbakka, Stokkseyri, Ölfusi og vestan úr Selvogi sem hafði þar viðveru í sjóbúðum um vertíðarnar.

Þegar Þorleifur Guðmundsson keypti jörðina, munu hafa róið  þaðan 14  áraskip, 10 og 12 róin, en  róðraskipin urðu flest árið 1916 eða 29 skip, en  úr því fór  þeim  smá fækkandi,  þar til ekki  var  orðinn eftir  nema 1 bátur sem gekk  þaðan til fiskveiða. Það var síðan eftir að Kaupfélag Árnesinga keypti jörðina 1937 að útgerð fór aftur vaxandi frá Þorlákshöfn en fólksfjölgun og þorpsmyndun fór þó hægt af stað. [1951 voru 14 manns með lögheimili í Þorlákshöfn] Trillubátaútgerð hófst  þar fyrst  árið 1928 og úr því var farið að gera  lendingarbætur, fyrir rikisfé, með tillagi frá Arnessýslu.

Árið 1912, voru helstu formenn í Þorlákshöfn, þeir Guðfinnur Þórarinsson, frá Eyri á Eyrarbakka, bræðurnir Páll Grímsson, og Bjarni Grímsson frá Óseyrarnesi, síðar fiskimatsmaður i Reykjavik. Fyrir höfnina var á sínum tíma hlaðinn mikill sjógarður sem  Jón Árnason lét  hlaða um 1880, stóð Ásbjörn Ásbjörnsson frá Brennu á Eyrarbakka fyrir hleðslunni. Hann var afarmenni að  burðum og  hleðslumaður ágætur.  Garðurinn var  hlaðinn á mörgum  árum, aðallega í  landlegum á vertiðum.

Vorið 1919,  sendi verkfræðingur N.P. Kirk, (f. 7.5.1882 d. 16.10.1919) fullkomna áætlun um hafnargerð í Þorlákshöfn, til  stjórnarráðs  íslands, og var þar gert ráð fyrir 2 hafnargörðum, 850 og 500 metra  löngum og 250 metra  langri bryggju með  bryggjuhaus.  Í  athugasemdum  sínum frá 1919, kemst Kirk, verkfræðingur svo að  orði: "Hversu nauðsynlegt sé að hafa stór steypubjörg garðinum til  verndar, sést vel af því, að á ferð minni  þar, mældi ég tvo  steina; var annar 9 smálestir að þyngd, en  hinn 40 smálestir, og hafði  brimið kastað  hinum fyrnefnda 25 metra og lyft honum 3 metra, en  hinum hafði það kastað 15 metra og lyft  honum 1,25 metra. Sýnir þetta best afl  sjávarins, á þessum stað". Síðar var byggð góð höfn í Þorlákshöfn og voru hugmyndir Kirks trúlega hafðar að leiðarljósi. Vorið 1933 hófst vinna við steinsteypta bryggju og  henni  haldið áfram  næstu sumur og var sú bryggja 74 m löng þegar gerð hennar lauk. Sumarið 1935, var  steyptur  brimvarnargarður,  sunnanverðu við  Norðurvör og við  hann bætt  nokkrum  metrum, 1936. Var sá garður 92 m. langur. Til að hlífa landi móti  austri fyrir sjávargangi, var fyrrum  hlaðinn öflugur  sjógarður úr stórgrýti sem áður er getið.  Hann var um  150 metrar á lengd, fláði  hann  inn lítið eitt (c. 20°) og þótti mikið  mannvirki, hlaðinn á  þeim  tímum, þegar aðeins var um að  ræða handaflið eitt. Samtímis og  byrjað var á  bryggjunni  var farið að  endurbæta  sjógarðinn,  þar sem  hann  var genginn  úr skorðum og sementslag steypt utan á, þannig, að á c. 50  metrum var hann  sléttur sem fjöl, á 3 m. hárri hleðslunni sem enn stóð óhögguð. Árið 1949 var hlutafélagið Meitillinn H/F stofnaður og óx þá hagur Þorlákshafnar jafnt og þétt.