Af og til um aldirnar hafa stórflóð gengið yfir suðurströndina og ollið miklu tjóni, ekki síst á Eyrarbakka sem var þettbýlasti staðurinn um aldir fram. Elstu flóðin sem vitað er um og skráð í annála eru frá 1316 og 1343  en eitt hið mesta og frægast er svokallað "Háeyrarflóð" 1653: Guðni Jónsson prófessor segir svo frá þvl í Stokkseyringasögu sinni: "Áttadagur (þ.e. nýársdagur) á laugardag, en morguninn þar eftir var stormur hræðilegur að sunnan og útsunnan með óvenjulegum sjávargangi upp á landið í öllum stöðum fyrir austan Reykjanes, svo túnin spilltust, en skip brotnuðu vlða. Sérdeilis skeði þetta á Eyrarbakka, Grindavík og Selvogi suður. Á Eyrarbakka sköðuðust mest tún, hús og fjármunir. Raskaðist viða um bæi. Maður einn sjúkur, með þvi hann gat ekki úr húsinu flúið, þar fyrir drukknaði hann þar. Það skeði í gömlu Einarshöfn. Timburhús eitt var upp við dönsku búðir og flaut upp á Breiðamýri. Á Hrauni og Háeyri á Eyrarbakk a varð mestur skaði. Þar tók alla skemmuna burt með öllu því sem í henni var og bar upp í tjarnir. Nokkuð fannst þó aftur af þvi. Nokkrar kýr drápust I fjósinu á Hrauni, einn hestur í hesthúsi og nokkrar kýr hjá húsunum. Sjórinn féll inn í allan bæinn. Sumir menn héldu sér uppi á húsbitunum en sumir afstóðu flóðið uppi á húsþekjum" (Hjáleigan Pálskot fór þá í eiði)

Bygging sjógarðsins kemur fyrst til umræðu árið 1785 og nokkrum árum síðar er hlaðinn skans (virki) við búðirnar en hann hvarf í flóðinu 1799.  - Árið 1779 geröi stórflóð á Eyrarbakka á öskudaginn og hefur verið nefnt Oskudagsflóðið. Olli það miklu tjóni. 1 þessu flóði eyddist jörðin Rekstokkur (Drepstokkur) - Aðfaranótt hins 9. janúar 1799 gerði eitt mesta flóð sem að llkum hefur komið i Stokkseyrarhreppi siðan land byggðist og hefir ýmist verið kallað aldarmótarflóðið eöa stóraflóð, en syðra var það nefnt Básendaflóöið þvi þá eyddist hinn forni kaupstaður að Básendum. í þessum sjógangi og ofviðri hafði brimgarðurinn lækkað og jafnað malarkambinn, að ekki var orðinn mikið hærri en fjaran. Hrannir af þangi og þara rak upp á Selsheiði og upp undir Ásgautsstaði og sýnir þaö sjávarhæðina. -1830 gerði svokallað þorraþrælsflóð. Einnig gerði flóð 21. september 1865. Þá brotnaöi stórt stykki úr sjógarðinum við verslunarhúsin a Eyrarbakka.

Nokkur flóð hafa komið á síðari tímum, svo sem 9. febrúar 1913 - 21. janúar 1916  - 21. janúar 1925,- 14. desember 1977 var mikið flóð sem olli miklum skemdum á Eyrarbakka og Stokkseyri. - 9. janúar 1990 kom gríðarlegt flóð og olli geysimiklu tjóni í báðum þorpum.

Það mun hafa verið Petersen verslunarstjóri á Eyrarbakka sem árið 1785 benti yfirvöldum á þá miklu hættu sem verslunarstaðnum stafaði af sjónum.  Árið 1787 flæddi sjórinn tvivegis 18. janúar og 10. mars umhverfis verslunarhúsin á Eyrarbakka. Mun það hafa rekið á eftir þvl að eitthvað væri aðhafst og þegar á þvi ári eða hinum næstu hefir verið byggður fyrsti sjógarðsspottinn á Eyrarbakkaskans sá sem þar var hlaðinn af stórum steinum sem sjórinn velti um svo að ekki sáust minnstu merki til hans eftir stóraflóð 1799. En Lambertsen verslunarstjóri lét hlaða nýjan grjótgarð með trjáverki til styrktar sjávarmegin við búðirnar auk þess sem hann lét hlaða traust virki úr grjóti umhverfis "Húsið". Þarna hefur sjógarðurinn haldist siðan. Um 1890 hófst bygging sjógarðs við Stokkseyri og smám saman náðu þessir garðar allt milli þorpanna.